בכל הנוגע ליכולות האנושיות הפסיכו-פיזיות, קיים פער גדול בין הגישה המדעית המקובלת לבין המציאות הידועה לנו. באופן אבסורדי מדענים רבים קוראים לנו לראות בחומר הניתן למדידה חזות הכל, ואת התודעה שלנו הם מסווגים כמקרה יוצא דופן ולא מאד חשוב של חומריות מודעת שפועלת באופן שטרם התגלה. אך למעשה, כל מה שאנו יודעים על החומר או על העולם בכלל, הוא באמצעות התודעה שלנו. הדבר היחיד שיש לנו לגביו וודאות מוחלטת הוא התודעה שלנו, שאר הדברים הקיימים אינם מוכרים לנו אלא דרך החושים ובאמצעות התודעה עצמה שאותה יש שמנסים להכחיש או להדחיק. כך שהגישה שמבטלת את התודעה או את הייחודיות שלה ואת היותה דבר מהותי – משונה למדי.
למדע אין כיום כל הסבר לתודעה ולאופן בו היא פועלת. אך מעבר לכך, התודעה מציבה קושי בפני הגישה המקובלת מזווית נוספת, והיא, שאלת ההתפתחות של התודעה. לגבי שאלה זו ישנו חוסר ידע או סדק עמוק בתיאוריית האבולציה שהינו בלתי ניתן לגישור או לתיקון.
אין לשער כיצד על פי תיאוריה זו התפתחה תודעה אנושית; כיצד מערכת ביולוגית אטומה לכל תודעה, שבנויה מיסודות חומריים לחלוטין המגיבים בדרכים שונות לגירויים פיזיים שונים, עשויה באחד הימים להפוך ליצור מודע ומרגיש.
ביחס לשאלה זו לא מדובר בתיאוריה גרועה או בוסרית, אלא בחוסר ידע טוטאלי.
לשם המחשה, רובוט שיפותח עוד ועוד באופן מכוון ומדיוק, ויכולות החישוב וחיישני הסביבה שלו יחודדו ויושבחו לאין שיעור, לעולם לא יפקח את עיניו לפתע ויחל להתוודע לקיומו עצמו ולקיום זולתו. דבר זה יתכן רק בספרות בדיונית.
למעשה, אין כל קשר בין יכולת חישוב בינארית לא מודעת שנעשית על ידי מחשב רובוטי, שלעולם לא יכיל או יצפה באמת במה שנעשה בתוכו עצמו, לתפיסה אנושית. הפער בין הדברים הוא לא שאלה של התפתחות וזמן אלא מהותי, שום דבר בשיטת עיבוד המידע במחשב לא מכשיר אותו לקראת תודעה. ענן יתקשה להתפתח לעכבר, גם אם לשניהם יש צבע דומה.
איך ובאיזה אופן אבולוציה אקראית יכלה לעשות את מה שטובי המתכנתים לא יוכלו לעשות לעולם?
הקושי עמוק עוד יותר. אחד ממאפייני היכולת האנושית היא הבחירה החופשית. בחירה זו נטועה היטב בתחושתו של כל אדם באשר הוא.
גם דטרמיניסט הסבור שהבחירה החופשית היא פרי דמיונם של בני האדם, מייחס חשיבות יתר לדעה שלו עצמו לגבי העדרה של הבחירה החופשית ולגבי שאר הדברים שבהם יש לו דעה מגובשת, למרות שהדעה שלו, לדעתו, אינה אלא תוצר הכרחי כאחד השלבים בתוך שרשת סיבות וראקציות הקבועות מראש עוד מימי המפץ הגדול. ולפיכך היא שקולה מהותית למחשבות המתרוצצות במוחם של ג'יהאדיסטים, בודהיסטים קומוניסטים ואחרים, משום שגם מחשבותיהם נקבעו ונחרצו מימי קדם, מהשעה בה התחילו הסיבות לסובב את המסובבים בהתאם לדטרמיניזם הקוסמי.
התשובה לכך, כמובן, שלפי תפיסה זו גם ההעדפה שלו את הדעות שלו על של זולתו נבעה ונקבעה עוד מימי המרק הבראשיתי ואף קודם לכן..
כך לאמתו של דבר לפי גישה זו, אין משמעות ואין טעם לכל מה שנעשה על כדור הארץ ובכלל. הכל צפוי והרשות מעולם לא נתנה. אם לצטט מלשונם הרי 'מבחינה קוסמית הקיום האנושי שקול לכתם של עובש על וילון האמבט'.
ואולם, אף אדם אינו פועל או חושב ואינו מסוגל לפעול ולחשוב כפי שהיה הגיוני על פי שיטה זו.
אם נקבל אפוא את האינטואיציה האנושית החזקה שמקיימת את הבחירה חופשית ללא סייג, הרי שהמדע הקלאסי לא יוכל לנפק הסבר כלשהו לתופעה הזו. בחירה חופשית ממשית היא בהכרח יכולת נפשית שאינה כפופה לחוקי החומר, אחרת היא חסרת משמעות.
אם לא די בכך, אז יש להוסיף, שתיאוריית האבולוציה אף היא תתקל במחסום בלתי עביר, כאשר היא תנסה להעניק הסבר לקיומה של הבחירה החופשית. בחירה חופשית שאינה כפופה לסיבתיות לא תוכל להתפתח על ידי מוטציות חומריות אקראיות. הדבר שקול למחשב שיחל לגלות שעמום בפעילות השוטפת בה הוא עוסק ויחל לבדר את עצמו בשופינג מקוון חובק עולם. אפשרות כזאת אכן קיימת, אך רק בז'אנרים לא ראליים שנועדו לאתגר את הדמיון.
האם השמש עשויה באחד הימים לפתח בחירה חופשית ולצאת למסע בין גלקטי כדי לראות מקרוב התפוצצות של סופרנובה, בניגוד לכל מה שמוכר לנו על חוקי הטבע ועל סיבתיות?
ובכן, זה לא סביר. אם כך גם בחירה חופשית אינה יכולה להיוולד לה כך סתם.
יתרה מכך, גם לתפיסת הדטרמיניזם השוללת בחירה חופשית, תתקל תיאוריית האבולוציה בפרדוקס לא פשוט. לדבריה הבחירה החופשית אינה אלא אשליה שאין לה כל תכלית, משום שהתודעה האנושית נטולת יכולת להשפיע על ידי בחירה על מעשיו של האדם.
מאחר וכך, אין כל יתרון הישרדותי בעצם התפתחות אשליה כזו, משום שאין בה כל השפעה, ולפיכך לפי תיאוריית האבולוציה היא לא היתה צריכה להתפתח מעולם.
גם אם נניח שאשליה כזו תורמת לתחושת משמעות או לאושר אצל האדם, אין בה תועלת, משום שהאדם חש שמחה או אושר אך ורק בתודעתו, והתודעה כאמור אינה משפיעה, כי אין לה יכולת לבחור ולהכריע.
ובכל זאת יש שטוענים, שאשליית הבחירה החופשית גורמת לתודעת אושר וסיפוק, שמעבירה למוח מסרים חיוביים באמצעות מנגנונים דטרמיניסטיים. אולם טענה זו תתקל בקשיים לא פשוטים: א. מדוע יש צורך במנגנון כה עקלקל ומסובך הבנוי על אשליה? האם לא היה יותר פשוט ליצור מנגנון המעביר מסרים חיוביים שמבוסס על המציאות ואינו תלוי בגורם לא ידוע ולא צפוי כמו התודעה? ב. כיום לא ידוע על מנגנון שמאפשר את עצם התודעה וגם לא על מנגנון שמאפשר מעבר של מסרים דטרמיניסטיים בין התודעה למוח, כך שכל הגישה הזו מבוססת על כרעי תרנגולת.
כאמור, מכיון שלפי תיאוריית האבולציה מנגנון שאינו בעל יתרון ברירתי אינו יכול להתפתח או לשרוד, איך אם כן האשליה הזו נוצרה ותפחה למימדים כאלה, עד כדי שכל אדם מאמין באופן העמוק ביותר שהוא יכול לבחור כרצונו?
מאידך, כפי שנאמר, אם אכן נקבל שישנה בחירה חופשית, אזי תיאוריית האבולוציה לא תוכל לעולם להצביע על מנגנון שיאפשר דבר כזה. בחירה חופשית אמתית מחייבת קיום של ישות שאינה תלויה בחומר, שמחזיקה ברסן ומשליטה את רצונותיה על הגוף החומרי. ישות כזאת לא תוכל לפרוץ כך סתם מתוך החומר, כשם שגוש אבן אינו עשוי להתעורר לחיים, רק משום דחק דארווינסטי.