אלו הן היסודות של השיטה המשפטית של התורה, אך בצד השיטה המשפטית-מוסרית הזו ניצבת בעיה נוספת: סדר מדיני יעיל. אחת הקביעות הברורות של התורה היא מניעת ענישה ללא שתי עדים, ההסבר המוסרי מובן מאד, אך בדרך כזו נגדל פושעים רבים מאד שיתחמקו מעדים או מהתראה, ברור שאין די בכללים האלו. על השאלה הזו עומד הר"ן בדרשותיו:
"נתיחדה תורתינו בין חקי אומות הקדמונים במצות וחקים אין ענינם תקון מדיני כלל אבל הנמשך מהם היה חול השפע האלהי באומתינו והדבקו עמנו.. אני סובר וראוי שיאמן משפטי התורה יש להם מבא גדול וכאלו הם משותפים בין ענין חול האלהי באומתינו ותקון ענין קבוצינו ואפשר שהם היו פונים יותר אל הענין אשר הוא יותר נשגב במעלה ממה שהם היו פונים לתקון קבוצינו ומפני זה אפשר שימצא בקצת משפטי ודיני האומות מה שהוא יותר קרוב לתקון הסדור המדיני ממה שימצא בקצת משפטי התורה, ואין אנו חסרים בזה דבר כי כל מה שיחסר מהתקון הנזכר היה משלימו המלך"", (דרשות הר"ן דרוש יא').
לפי הר"ן חוקי התורה פונים יותר אל הענין החשוב של חיזוק התפיסה הדתית והמוסרית הנכונה, מאשר לתיקון המדיני, על התיקון המדיני ממונה מחוקק אחר, המלך. וכמובן שגם מבלי חוקי המלך מטרת חוקי התורה היא גם הסידור המדיני הנכון, ולא רק ענינים דתיים, כפי שאומר הרמב"ן: "אשר יעשה אותם האדם וחי בהם, כי המשפטים נתנו לחיי האדם בישוב המדינות ושלום האדם, ושלא יזיק איש את רעהו ולא ימיתהו", (ויקרא יח ד). בתושבע"פ (פ"ג 'התורה והמצפון האנושי') הבאנו דברי הראשונים שכוונת התורה היתה שיוסיפו עוד הרבה דינים משפטיים כפי הצורך בכל דור, ולא באה התורה למצות את כל המשפט בדינים המנויים בה. לדעת רבי שמעון שקאפ דיני ממונות אינם חלק מההכרעה ההלכתית, וכללי ההלכה חלים רק לאחר ההכרעה המשפטית (ולכן לא מחמירים בספק ממון כמו בספק גזל, שערי ישר שער חמישי פרק ראשון), הדיון בבעלויות ובזכויות משפטיות אינו מוגדר כדיון הלכתי לפי שיטה זו.
את אותה החובה "להשלים מה שיחסר מתקון הסדור המדיני" שלפי הר"ן היא על המלך, נטלו חכמינו על עצמם, בזמן הגלות כאשר אין מלך. ואעפ"כ בשאלות הגבוליות משתדלים חכמינו להכריע מתוך מערכת המושגים של ההלכה, ולא בניתוח מופשט סובייקטיבי. ראה למשל ב"מ פג: שלמדו מן הפסוקים אימתי הזמן המדוייק ממנו צריך בעל הבית לשלם לפועל, ושאלו: "נחזי היכי נהוג?" והשיבו: "בעיר חדשה". אע"פ שתמיד קל ללכת אחר המנהג או להנהיג סדר נח ועדכני, טרחו גם לברר את הדבר מן המקרא. כך בר"ה כג. למדו מן המקרא על כמה עצים שנקראים ארז, "נפקא מינה למקח וממכר", למרות שגם כאן היה אפשר להסתכל על הלשון הנהוגה ולהסתפק בזה. וכך למשל אפשר לראות בכל דיני שליחות שנדונים בהכרעות הלכתיות (גם משום שנוגעים הרבה לדיני אסורים אחרים כמו תרומה וגט וכדו'). ראה גם ירושלמי סנהדרין (פ"א) שכאשר בימי רשב"י בטלה המלכות את זכות היהודים לדון דיני ממונות, "בירך רשב"י, דלית חכים למידן". על ההתעלמות מן הסידור המדיני כותב הר"ן גם: "ראוי לסבול הפסד נופל מעט מצד רוב התקון הנמשך תמיד וא"א לתקן יותר מזה", (וכן מבואר בחזו"א כלים כג י ויבמות נח יד),
אבל בדרך כלל בודאי דיני ממונות צריכים להיות מוכרעים בצורה שכלית הגיונית, "בדיני ממונות יש רשות לשכל לעוף להחליט כל העולה בדעתו בלי מצרים, שכל דיני טוען ונטען בשכל נוסדו", (תפארת ישראל ב"ב י' ח'). על משפט המלך לא חלה שום הגבלה מן ההגבלות של דיני התורה: המלך יכול להרוג על פי עד אחד, ויש לו רשות לתקן כפי מה שהשעה צריכה והורג רבים ביום אחד ותולה ומניח ימים רבים, (רמב"ם מלכים ג ח, רוצח פ"ב ה"ד). וכך מצינו את משפטי המלכים והמנהיגים בתנ"ך בהרבה מקומות (בראשית מב לז, יהושע א יח, שופטים ח יז, שופטים כא ה, שמואל ב ה, שמואל ב יב ה, מלכים א כ מ, ראה תורת נביאים למהרי"ץ חיות פרק שביעי). והדבר מסור לכל מנהיגי הדורות, כמבואר באברבנאל הקדמת שופטים ובמאירי סנהדרין נב.. והחתם סופר אומר:
"נראה לי דרשות ביד המנהיגים להרוג ולענוש.. ומסתמא גם אלו לא נתנה תורה וקודם מתן תורה היו דינים ונמוסים.. ונתנה תורה וחדשה גנב ישלם כפל וכדו'.. אבל מה שלא הזכירה תורה כגון היזק שאינו ניכר, לא הותר חלילה, דרכיה דרכי נעם, אלא איננו בכלל משפטי תורה, והמלך וסנהדרין יראו לפי המקום והזמן ואין להתורה עסק בזה וה"ה להסיר המזיקים הרבים הרוצחים בלא עדים וכדו' דרכיה דרכי נעם וכל נתיבותיה שלום", (שו"ת חת"ס או"ח סי' רח').
ראשי גלויות שבבל שבמקום מלך הם עומדים" (רמב"ם סנהדרין ד יג), בכמה מקומות מוזכר באמת שראש הגולה היה דן בדומה לדיני הפרסיים ולא רק על פי משפט התורה (ב"ק נח ב"ב נה.).
גם בשלחן ערוך נפסק שכאשר אין לדיין איך לברר את המקרה יכול הוא לדון על פי אומדנא (חו"מ טו' ד', על פי תשובת הרא"ש קז' ו' הלומד ממשפט שלמה). הכוונה לאומדנא בלי שום עדויות (טור סה'). בזמננו אין נוהגים "תשלומי נזק" שבתורה אלא "לא ראיתי נוהגין לדקדק בזה רק כופין החובל לפייס הנתבע ולקנסו כפי הנראה להם", (רמ"א סי' ב' בשם מהר"ם). "אפי' אינם סמוכים בא"י אם רואים שהעם פרוצים בעברות דנין כל דיני עונש ואפי' אין בדבר עדות גמורה ויש להם כח להחרים ממונו ולאבדו, ודוקא גדול העיר או טובי העיר שהמחום ב"ד עליהם, וכ"נ בכ"מ שטובי העיר בב"ד הגדול ומכין ועונשין והפקרן הפקר כפי המנהג ביד ב"ד להלקותו או לטול ממון כראות עיניהם לפי הענין למגדר מלתא" (שו"ע שם). "כל מי שנתמנה על הצבור הרי הוא כאביר שבאבירים יפתח בדורו כשמואל בדורו וכל מה שעשה עשוי", (סמ"ע סק"י שם בשם מרדכי). "חכמי הדורות ברשות המלכים דנים דרך הוראת שעה אפילו מאומד הברור ואף בלא התראה ואף בדברים שאין בהם מיתה", (המאירי סנה' לז:).
"דין אמת לאמתו ר"ל שדן לפי המקום והזמן בענין שיהיה לאמתו ולאפוקי שלא יפסוק תמיד דין תורה ממש כי לפעמים צריך הדיין לפסוק לפנים משורת הדין לפי הזמן והענין וכשאינו עושה כן אף שהוא דין אמת אינו לאמתו", (דרישה בחו"מ א).
ההלכה מכירה בכל דרכי המשפט הכללי, מכיון שנטלה עליה גם את משפט המלך, הריגה ללא עדים והתראה וגם על מעשים שאינם מחייבים מיתה מדין תורה מוזכרת הרבה פעמים. ולא עוד אלא שאמרו חכמים: "לא חרבה ירושלים אלא מפני שהעמידו דבריהם על דין תורה". וכן להיפך: דחיית דברי עדים אם הדין נראה מרומה גם ללא הכחשתם ע"י עדים אחרים, "שהדברים מסורים ללב" (חו"מ סי' טז'). "הדיין ירבה לחקור הבעלי דינים ואם יראה בעיניו שהאחד דבריו מכוונים מן האחר יטה הדין לזכותו ועל כיו"ב נאמר אין לדיין אלא מה שעיניו רואות", (שו"ת ריב"ש סי' תנד'). "בית דין של יראי שמים שהיה נראה להם שהשטר מזויף אע"פ שחתומים עליו עדים מותר לקרוע השטר הוראת שעה ואין לבעל שטר זכות לתבעם", (תשובת הרשב"א ח"א אלף קמו).
עונש מאסר לא נזכר בתורה (למרות שנזכר מעצר בכמה מקומות, אלדד ומידד, המגדף, והמקושש), אך הקדמונים הזכירו עונש מאסר, ונראה שכוונתם למאסר למטרת עונש (רי"ף מו"ק ח. הרמב"ם סנהדרין כד' ט': "יש לכפות ידיים ורגליים ולאסור בבית האסורין ולדחוף ולסחוב על הארץ"). אך עונש זה נחשב כעונש קל ולא בא אלא כאמצעי לחץ, לא עלה על הדעת להסתפק בענישת רוצח במאסר. ראה פסחים צא "בית אסורין של ישראל", "לכופו או לשלם ממון או להוציא אשה", (רש"י). המנהג לאסור מי שאינו משלם את חובותיו מוזכר הרבה פעמים (אגודה שבת פרק כל כתבי קנ', ריב"ש תפד', רשב"א ח"ה רמב', רא"ש נב ח, זכרון יהודה צא. עונש זה מוזכר גם בפנקס ועד ארבע ארצות משנת תקלט' סימן תשכג').
לקדמוננו בימי הביניים היתה סמכות מלאה לדון במקומותיהם דיני מיתה וענישה גופנית, הרא"ש כותב בתשובה לחכם אחד: "וגם אצוה להמיתך כדין זקן ממרא", (תשובות הרא"ש כלל כא').
בתשובות ר"י בן הרא"ש סי' נח' פוסק בענין רוצח ישראל בשם שאול: "עפ"י מה שרגילין עתה לדון בדיני נפשות וברוך ה' אשר נתן כזאת בלב מלכי הארץ הזאת לתת כח לישראל לדון ולבער עושי רשעה לולי זה לא הי' קיום לישראל בארץ הזאת", כי אם מעידים בדבר שני עדים כשרים מן התורה, יש לדון את שאול למוות, ואילו אם תתקבל עדותו של אחד מהם בלבד בצירוף עדים שראו את השלב הראשון בקטטה – ראוי לקצוץ שתי ידיו. ברם, אם תשאר רק עדות אחת – יהיה העונש קטיעת יד ימין. אם תתבטל גם עדות זאת ותשאר עדותם של אלה אשר ראו את השלב הראשון בקטטה בלבד – קטיעת יד שמאל, ואילו אם יתבטלו כל העדויות – ראוי לחייבו גלות, לקיים מה שנאמר: "ובערת הרע מקרבך'".
בשו"ת ריב"ש סי' שנא' "משום מיגדר מלתא, כיון שמת מביניהם, אם רואה אתה להמיתם, כיון שעשו כן בשאט בנפש, ביד רמה ובזדון, כמו שנראה, שארבו לו בלילה, וגם ביום ובפרהסיא, בפני טובי הקהל, היו הולכין בכלי זיין כנגדו, הרשות בידך. וכמ"ש הר"ם ז"ל (פ"ב מהלכות רוצח). ואף לאותו שאין בו עדים, רק ראיות חזקות ואמתלאות אמתיות; כההיא דראב"ש שהיה הורג באמתלאות, ואם לא היו שם כ"כ חזקות. ואם רצית להקל עליהם, שבור זרוע רמה (דהיינו קצוץ ידיהם), אם ראית שדי בזה לפי צורך השעה, הרשות בידך. ואם הייתי אני הדיין בהורמנא דמלכא, כך הייתי עושה, ולא הייתי מיקל עליהם ביותר מזה, אם לא ברצון קרובי הנהרג. ורב ודי שנקל באלו המכים בן ברית מכת אכזרי בחרב רעה, מכה שיש בה כדי להמית, ושמת מבין שניהם, שלא להענישם, רק כההיא דרב הונא, משום: וזרוע רמה תשבר".
מאוחר יותר, מובא מקרה בתשובת מהר"ם ז"ק (חתן המהרש"ל) של יהודי שרצח את חברו לעיני משפחתו, והתעלל בגופתו, גם הכה את בניו. מהר"ם משיב:
"וכן כתב הרמב"ם והרא"ש והריב"ש בתשובותיהם והרשב"א, שיש כח בזמן הזה להמית משום מגדר מילתא ולצורך שעה. וכן הלכתא", ומסיים "בצירוף שבקרב הימים נרצח הי"ד ר' משה חתן ר' העניך ע"י יהודי עגלון שלו, אם כן, אין לך פרצה גדולה מזו, על כן היתה הסברה נותנת לדון אותו למיתה משום מגדר לעבר ולהבא".
לסיכום, המשפט היהודי מבוסס על כללים הלכתיים, אך הוא משלים את כל החסר בכדי לשמור על הסדר ועל השלום, על ידי התיחסות אובייקטיבית שאינה כפופה לכללים ההלכתים.