פרופ' תומס נייגל, המלמד כיום בפקולטה לפילוסופיה באוניב' ניו יורק (לפני כן לימד שנים רבות בברקלי ובפרינסטון), נושא תארים ופרסים רבים, מתמחה בפילוסופיה של הנפש. נייגל הוא מראשי המתנגדים לרדוקציה של תופעות נפשיות, כלומר להצגתן כתוצאות של מכניקה וכניתנות להסבר באופן מכני פיזיולוגי בלבד. טענות אלו הביע במאמריו כבר החל משנות ה70 של המאה הקודמת (אחד ממאמריו המפורסמים הוא 'איך זה להיות עטלף'? לעטלף יש מערכת חושים שאין לנו, ניווט קולי בדומה לסונאר, אנו יכולים לתאר את הפונקציה, אבל לא את חויית ה'ניווט קולי', אותה חווה העטלף בשעה שהוא עף ומנווט, ולא חווה הסונאר בשעה שהוא מאתר מטוסים).
ב2012 הקצין את קריאת התיגר שלו על הממסד האקדמי, בספרו Mind and Cosmos הנושא את כותרת המשנה: "מדוע התפיסה המטריאליסטית הניאו דרויניסטית של הטבע כנראה שקרית לחלוטין".
נייגל טוען שהמטריאליזם לא מסביר את הנפש ואת התודעה, ההסברים הינם מדומים, ולכן גורמים נזק למדע. ואין המדובר רק בשאלת קיומה של הנפש ומהותה, אלא גם בשאלה האם יכלה להתפתח כתוצאה מתהליך אבולוציוני כל שהוא.
מה שמעניין בגישתו של נייגל, שהוא אינו דתי, ומתנגד לכך שיזהו אותו עם דתיים. אע"פ שטען כי הביקורת על אנשי המדע התומכים בתכנון תבוני כמו מאייר, באהה, וברלינסקי, מוגזמת ולא ראויה.
לטענת נייגל ההנחות השגויות, שהתודעה והנפש הם מכניזם, מובילים למדע שגוי, כך למשל מטריאליסטים סבורים שלא יתכן הבדל בין בני אדם, מבלי שיסודו באיזה שוני פיזיקלי הניתן באופן תיאורטי להגדרה.
הפילוסוף ג'ל שלנברג (Schellenberg) מאוניב' מאונט סנט וינסנט, כותב על הפולמוס:
"מבט עמוק יותר בזמן אף עשוי להקנות לנו גישה חדשה לרעיונות נועזים, שכיום אנו נוהגים להתייחס אליהם בבוז. כוונתי היא לגישה סובלנית ואמפתית לסקרנות עצמה, גישה שמקורה בתשוקה להרחיב את היכולות האינטלקטואליות המוגבלות שלנו באופן שיאפשר לנו להתפתח. הסקרנות האמפתית הזאת תעודד אותנו לנסות להבין למה רעיונות שונים מותירים בנו את הרושם שהם מותירים, וכן תמנע מאיתנו לרפות את ידיהם של חוקרים המציעים צורות חשיבה בלתי שגרתיות שבתחילה נראות לנו חסרות טעם. דוגמה לכך היא ספרו של תומס נייגל Mind and Cosmos (משנת 2012). נייגל ספג ביקורת קשה מהעילית האינטלקטואלית על שהעז לטעון בספר שתפישה טלאולוגית של הטבע עשויה להיות בעלת חשיבות בעתיד המדע… מבקריו של נייגל צלבו אותו. האם התגובה המהירה הזאת לא הייתה אלא השלכה נוספת של קוצר הראייה שלנו?"
תכליתיות מול מוסריות? הבוחן את סדר התנהגות העולם[בצורה דארוויניסטית] יבחין בקו מנחה רציף באורגניזמים הנקרא "הברירה הטבעית"[א"ד הבחירה] -תכליתית המתאימים ישרדו וב'מאקרו' החזקים הם השורדים וכן שרשרת המזון שממש אכזרית לכאורה ובהתבוננותנו בנפש האדם[ב'סופר אגו' בזיגמו-פרוידיאנית] נבחין בצורך בטוב שלפיו בטבע קיים רוע[במקום לעזור לחלש משמידים אותו]שאין כל מצפון סובלו כאן נוצר הפרדוקס[לכאורה]ה"פיזו-אתי" [שסתירתו כפולה לנטורליזם שהאתיקה חלק מהטבע] ואם באנו ללמוד 'טוב' מסביבתנו נמצאנו נבוכים,אמנם היו שטענו שיש בטבע טוב והוא הסיע ההדדי בין פרטי המין אך לדעתי ולדעת גדולים[קאנט בצו הקטגורי] זהו לא הטוב האידיאלי מאחר והוא תכליתי[נרטיביסטי]ומוכרחים אנו לאידיאלי שיבחן על ידו הריאלי ולא נוכל להתעלם מהברירה הטבעית מאחר וקיימת[לכאו'] ואינה בחירית ,,כי המוכרח לא יגונה" א"כ לא תשללנה ובאמת מטעם זה לא נדונה במונחים טוב ורע כל עיקר ורק בבחירי או ביחס אליו ישנה טרמינולוגיה אתית ובאמת כל דבר תכליתי-אמצעי ישפט לפי מטרתו [ניתוח לדוגמא] והאדם הוא המטרתי והעליון בסדר הכרונו-ברירתי ובו יש מעלה על מעלתו שהוא בחירי [בדטרמניסטית היא אשלייתית אך בכל זאת ייחודית לו] בנקודה קונקרטית ובהמשילו אותה על עצמו ובהכפיפו אותה לצו לבוראו[שעליון מהבחירה שאיננה בחלל ריק] כל הבריאה תהיה חיובית בהיותה משרתת למחוייב המציאות ועיין בזה היטב..